Какой штраф может быть организации, если учредитель выдал займ, а организация выплатила из него зарплату.

Добрый день!

А какие Вы здесь видите риски?

Учредитель выдал заем, деньги поступил в распоряжение организации, она вправе распоряжаться ими по своему усмотрению, в т.ч. выплатить зарплату.

Или вы не все описали?