Как мне уволиться гендиректору, один учредитель в ООО, меня просят сначала закрыть все долги.

Не совсем понятен смысл вопроса, но процедура стандартная: написать заявление на имя учредителя.

Какие долги? По чьей вине? и т.д. Пишите заявление учредителю и увольняетесь.