Проблемы с договором об обучении - Каковы последствия отчисления и восстановления студента?

В прошлом учебном году мой сын был отчислен из университета из-за хвостов. В январе он восстановился (был приказ), оплатил обучение, сдал всю задолженность (хвосты) и был допущен к практике, гос.экзаменам и диплому. Всё закончилось хорошо и диплом он получил. Но когда обратился в коммерческий отдел университета за договором (он нужен для налоговой, чтоб сдать декларацию на возмещение подоходного налога) - ему сказали, что договор не заключался, т.к. он восстанавливался не на обучение, а на гос. экзамены. Вопрос: правы ли они? и, если правы, то что предъявлять в налоговую?