Хочу поделить нежилое помещение на 5 долей, но каждая доля имеет разную площадь, как эти доли выделить?

Что за ерунда? Мелком можете поделить...)))

Никак не выделяйте, просто подарите по долям, (не выделяя их в натуре) видимо в будущем хотите получить родственные войны? Получите, да ещё и какие.

Заключите договор дарения определенных долей, можете также после регистрации заключить соглашение в котором определить какая именно часть квартиры переходит каждому собственнику. Но соглашусь с предыдущими ответами, многие наоборот стараются избавиться от долей.

Принять об этом решение, поставить на кад учет и зарегистрировать право собственности.