Если работодатель установил в организации режим коммерческой тайны, то все работники, имеющие доступ к информации, составляющую коммерческую тайну должны быть ознакомлены с приказом под роспись или отдельным соглашением.
Вообще режим коммерческой тайны это комплексное мероприятие и соглашение или приказ часть этой системы
В каждой организации есть свои правила и при приёме на работу вы с ними знакомьтесь под роспись, в том числе и за коммерческую тайну. Не нравится ищите другую работу. А если остались то нужно подчиняться, сами выбрали...
Если хотите продолжать трудиться в организации, где в обязанности входит работа с какой-либо тайной и условиями трудового договора оговорены запреты о разглашении коммерческой или иной тайны, то есть необходимость подписать соглашение.