Как обезопасить себя при продаже квартиры покупателю с военным сертификатом и избежать возможных подводных камней

Вы правильно слышали. Обычно деньги перечисляются в течение 10 дней после государственной регистрации перехода права собственности по договору купли-продажи. Если квартира приобретается покупателем частично за счёт средств субсидии от Минобороны, а частично за счёт его собственных средств, то его собственные средства лучше передавать Вам через заранее арендованную банковскую ячейку. Всё это надо отразить в договоре КП. И ещё для подстраховки (что тоже нужно отразить в договоре!) нужно одновременно с регистрацией перехода права собственностии зарегистрировать залог на квартиру, а Вы будете залогодержателем до полной выплаты Вам Министерством обороны всей стоимости квартиры. Проценты Сбербанка должны удерживаться не за Ваш счёт, это надо заранее оговаривать со сторонами сделки (покупателем и Минобороны) и отражать в договоре.

Если будет нужна помощь в анализе и корректировке договора, который они Вам предложат, обращайтесь.