Если пенсионер открыл ИП на АУСН и не платит взносы в пенсионный фонд лишат ли его региональных доплат к пенсии?

ИП должен платить взносы, не платят самозанятые.

Нет конечно. Законодательно ИП на УСН не обязаны это делать.

Работающим пенсионерам, к которым относятся ИП, региональные доплаты не устанавливаются.