Можно ли подать надзорную жалобу если сроки подачи апелляционной/кассационной жалоб уже прошли?

Нет."Перепрыгивать" через судебные стадии нельзя.Суд откажет вам в принятии надзорной жалобы, сославшись на то, заявитель не предпринимал меры по обжалованию определения в

суды апелляционной и кассационной инстанций

Зависит от того, какой процесс. В уголовном - можете обратиться с разу в кассационную инстанцию, если сроки на обжалование в апелляционном порядке прошли. В гражданском - лишены такого права.