Длительное расследование уголовного дела - куда обратиться, если документация постоянно теряется?

Обратитесь в прокуратуру с жалобой.

Срок предварительного следствия по уголовному делу - 2 месяца, если дело особой сложности, то следственные органы могут продлевать срок сколько угодно (до истечения сроков давности) по решению суда, но это в крайних случаях, когда не могут найти долго подозреваемого, не могут собрать все доказательства, ждут результатов экспертиз и т.д.

а сроки давности для различных дел разные, в зависимости от совершенного преступления (исчисляется с момента совершения преступления):

2 года после совершения преступления небольшой тяжести

6 лет после совершения преступления средней тяжести

10 лет после совершения тяжкого преступления

15 лет после совершения особо тяжкого преступления

Пишите жалобу прокурору города, а потом можете и прокурору области.