Добрый день.
Схема старая и давно известная и имеет смысл если учредитель является работником предприятия. Безусловно Вы вправе приобрести автомобиль на компанию и возместить НДС. Регистрация автомобиля, естественно, также должна быть на эту компанию. Но для того, чтобы у налоговой инспекции не возникала претензий Вы должны будете доказать, что этот автомобиль используется в облагаемой НДС деятельности.
Дополнительно следует отметить, что если а/м будет числиться по ПТС на организации, то придется кроме транспортного платить еще и налог на имущество, у учредителя должны быть путевые листы с отметками врача и механика на каждую поездку.
Вместе с тем, все расходы по эксплуатации автомобиля в дальнейшем можно относить на организацию и включать их в состав расходов связанных с производством и реализацией.(ст. 264 НК РФ), что позволит уменьшить налогооблагаемую базу по налогу на прибыль.