Как правильно действовать при незаконной перепланировке арендуемого помещения - подписывать акт сдачи-приема с оговорками или отказаться от подписи?

Подписывать не стоит,а вот выдвинуть требования касаемо надлежащего состояния помещения стоит.Если подпишите акт в дальнейшем сложно будет что-то доказать.

ст. 622 ГК РФ при прекращении договора аренды арендатор обязан вернуть арендодателю имущество в том состоянии, в котором он его получил, с учетом нормального износа или в состоянии, обусловленном договором.

Акт, в котором претензий другу к другу не имеете, не подписывайте. Во время приема-передачи помещения составьте акт выявленных недостатков и требуйте его подписания арендатором. Если не подпишет, направьте ему его почтой. Определите разумный срок для устранения недостатков с оплатой аренды в этот период.

В случае отказа арендатора или если он не даст ответа в течении месяца, необходимо обращаться в суд.

Было бы не плохо мне увидеть Ваш договор аренды. Многое может зависеть от его содержания, вкл. вопрос досрочного расторжения договора по инициативе арендатора.