Возможно ли составить дополнительное соглашение о купле-продаже с оплатой коммунальных задолженностей новым собственником квартиры?

Можно составить доп.соглашение. Можно отдельным пунктом договора указать, что покупателю известно о наличии задолженности и он обязуется оплатить их за свой счет.

Можно, при этом обязательно зарегистрировать в Росреестре как и сам договор купли-продажи (ст.452 ГК РФ). В противном случае не будет считаться действительным.