В данном случае наступает ответственность по НК РФ или по КоаП РФ?

Разъясните пожалуйста в каких случаях наступает ответственность по ч.3 ст.14.25 КоАП РФ, а в каких по ч.1 ст. 116 НК РФ. Организация предоставила в налоговый орган заявление о внесении изменений (изменение участника) не по форме Р 140001, о чем налоговой было вынесено решение об отказе в регистрации. Организация вовремя не исправила данную оплошность, однако в последствии в ИМНС предоставлялись другие документы, где указывался новый участник и документы принимались. В данном случае наступает ответственность по НК РФ или по КоаП РФ?