Можно привести конкретный пример или ссылку на нормативные документы?
Из вопроса не совсем понятно как вы хотите взыскать пеню, добровольно (счет) или по суду (арбитраж). Если по суду-тогда у Вас должен был быть соблюден досудебный порядок, т.е. претензия, в которой Вы наверняка написали что ждете оплату до 01.12.12 (к примеру), в указанный день оплаты нет- начинайте считать пеню со следующего дня (ст.191 ГК). Судья Вам врятли будет пересчитывать по каждому периоду, можете это сделать сами и выставить в форме отдельных счетов (если это предусмотрено договором), т.е. собирайте основания.
Пока без арбитражного суда. Интересует методика расчёта.
Фиксируйте каждый просроченный период в форме счета на оплату, рассчитывайте на сл. день после просрочки. Можете отдельно составлять письма с требованием оплаты этих счетов, если добровольно не оплатят-взыскивайте через суд. Не знаю Ваших сумм, но предполагаю что по 395 гк у Вас меньше "накапает" . Суды обычно не спорят если все красиво написано по просрочкам, обосновано пунктом договора и счетами на оплату.