Я снимаю комнату у собственника, могут ли меня выселить из комнаты, его родственники, прописанные в этой комнате?

Могут, т.к. на Вшу регистрацию они должны были дать согласие. По нормам ГК РФ сособственники по взаимному согласию владеют и пользуются имуществом, распоряжаются им.