Уважаемый Ильбарт!
Эсли у Вас есть уже (а она должна быть) трудовая книжка по основному месту работы, то заводить вторую там, где Вы работаете по совместительсту не стоит. Запись о совмещении может быть занесена по желанию работника в организации по основному месту работы работника, при предоставлении им справки с места работы по совмещению.
И кроме того, кто Вам сказал, что работник работающий по совместительству не находиться в штате? Все зависит от того, является ли должность, которую Вы занимаете штатной. Если ДА, то совершенно без разницы совместитель Вы или нет. Кроме того, если Вы трудитесь (по совмещению) не в государственной структуре, то какую Вам платить зарплату (ставку или полставки) решает руководитель. Никто не мешает руководителю, даже если Вы трудитесь по совмещению, оплачивать Вам полную ставку.