А на каком основании супруга находится в РФ в течение этого срока? Вообще, если вы сами гражданин РФ и имеете постоянную регистрацию в РФ, то это само по себе является основанием для продления пребывания супруги в РФ до года.
П. 10 ст. 5 ФЗ "О правом положении иностранных граждан" от 25.07.2002 г. №115-ФЗ
10. Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, и являющегося членом семьи гражданина Российской Федерации или иностранного гражданина, постоянно проживающего на территории Российской Федерации, имеющего место жительства в Российской Федерации, продлевается на срок до одного года с даты его въезда в Российскую Федерацию. Указанный срок временного пребывания может быть неоднократно продлен, но не более чем на один год для каждого такого продления.
Членами семьи гражданина Российской Федерации или иностранного гражданина, постоянно проживающего на территории Российской Федерации, имеющего место жительства в Российской Федерации, признаются его супруг (супруга), дети (в том числе усыновленные или находящиеся под опекой (попечительством), родители (усыновители), дедушки, бабушки, внуки.
Но вы так и не ответили на вопрос, на каком основании супруга пребывала в РФ предыдущие 180 дней?