Это слишком общий вопрос. Работы выполнены, материалы куплены? Это как-то видно? Объяснение письменное предоставил? Как получал деньги? В подотчет? Не отчитался - личные доходы, подлежащие налогообложению НДФЛ. Или пускай компенсирует. Разные решения возможны, в зависимости от ситуации.