Здравствуйте.
Согласно Письма Минфина России от 24.06.2016 N 03-04-05/36856,
в случае если предметом договора купли-продажи является квартира, находящаяся в общей долевой собственности нескольких лиц, сумма имущественного налогового вычета, установленного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их долям в праве собственности на указанную квартиру.
Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Одновременно сообщаем, что в случае, если предметом договора являлась бы продажа каждым из продавцов своей доли в праве собственности на квартиру как самостоятельного объекта купли-продажи, указанный имущественный налоговый вычет предоставлялся бы каждому из совладельцев в сумме, не превышающей 1 000 000 рублей, а в случае нахождения их в собственности налогоплательщика более трех лет доход от их продажи не подлежал бы обложению налогом на доходы физических лиц.