Если продать две квартиры, которые были в собственности более 5 лет. Налог 13% надо будет платить?

В случае, если проданные за один год квартиры принадлежали вам более минимального предельного срока владения (5 лет), платить налог не придется (см.п.4 статьи 217.1 НК РФ)