Может ли бабушка выселить своих внучек из квартиры по собственному желанию, беспричинно, потихому-без их согласия.

нет не может.. Выселить человека можно только по решению суда. Если бабушка как Вы говорите по тихому выселит внучек, то ее действия можно обжаловать в суд

если бабушка собственник жилого помещения, то она может обратиться в суд с иском о признани внучек утратившими права пользования жилым помещением...

последствие - снятие с регистрационного учета;

гражданское законодательство в первую очередь защищает права собсвенника