Здравствуйте! При выявлении противоречий технической документации и невозможности исполнения работ в полном соответствии с условиями технического задания, вы в соответствии с требованиями ГК РФ обязаны известить об этом заказчика. Так же в данной ситуации вы имеете право приостановить выполнение работ (в той части, которую выполнить не можете) предупредив об этом заказчика.
Если требуется внести согласованные сторонами изменения в техническую документацию, которая является неотъемлемой частью контракта — необходимо заключить дополнительное соглашение о внесении соответствующих изменений.
Писать письменную претензию, а дальше в зависимости от поведения подрядчика.
Пишите мотивированный отказ от приемки услуг. Далее претензию направляйте исполнителю и действуйте в рамках досудебного претензионного регламента.