В случае изменения сведений о лице, имеющим право действовать без доверенности от имени юридического лица, в регистрирующий орган подается соответствующее заявление, содержащее сведения как в отношении прежнего, так и нового лица (Постановление Арбитражного суда Северо-Западного округа от 03.03.2020 № Ф 07-511/2020 по делу № А 56-27216/2019).
Т.е. сначала назначается новый руководитель (КУ), потом подается заявление по форме в налоговый орган.
Налоговая не вправе вносить в публичный реестр записи, не имея на это оснований. На 100% не уверен, но предположу, что конкурсному управляющему нужно сначала обратиться с требованием к участникам Общества – об обязании совершить действия по исключении о нем записи из ЕГРЮЛ. Если ничего не произойдет - то уже с иском в Арбитражный суд.