Как правильно поступить, если приписали налог после продажи машины, купленной ранее с рук?

Это неправлиьно, но не понятно каким образом с оформлением ках документов вы покупали машину, получите письменные разъяснения от налоговой.

да все правильно, Вы должны были подать декларацию на проданный а/м т.к он у Вас в собственности менее 3 лет, и приложить 2 договора - один при покупке,другой при продаже,

налоговый вычет предоставляется - 240 тысяч, т.е вы купили за 600т.р продали бы за 840 т.р

и налог не платили бы,

а так получается вы купили за 0 руб а продали за 600 тысяч, прибыль составит 600т.р с нее и налог

Уважаемый Кирилл! Вы должны были до 30 апреля 2012 г подать в налоговую декларацию по форме №3НДФЛ и при условии, что Вы-резидент РФ по уплате налогов(ст.207 НК РФ) вправе просить произвести стандартный вычет по пп.1 п.1 ст.220 НК РФ на сумму 250000руб., а с суммы 350000руб. исчислить и заплатить НДФЛ по ставке 13%, то есть 45500руб. Если Вы сохранили договор на покупку и расписку продавца в получении денег при покупке, то могли просить произвести зачёт затрат на покупку машины из суммы, полученной от её продажи и тогда НДФЛ платить не придётся, т.к продали машину не дороже, чем купили. Помните о штрафных санкциях за просрочку подачи декларации, поэтому подавайте скорее декларацию.