Могу ли я зарегистрировать своего друга без согласия своего брата?

Нет, нельзя. Доля - это только доля в праве собственности на жилое помещение, а не часть жилого помещения.

Зарегистрироваться можно только в самом жилом помещении, а не на доле..

Вам нужно получить согласие брата.