Можно ли указать оплаченный НДС в качестве расходов при покупке нежилого помещения ИП на УСН?

Нет. Возмещение, равно как и зачет НДС производится исключительно плательщиками НДС. Лица, не оплачивающие НДС от своей деятельности в т.ч. ИП на УСН таковых прав не имеют. Тем более, что НДС юрлицу ИП по сделке не платил, он оплачивал стоимость, которая включает НДС, который потом заплатит продавец в сумме, которая будет исчислена с учетом всех зачетов.