Можно ли как-то задним числом сделать все правильно и кто должен это делать?
В соответствии с Правилами регистрации автотрансп-х ср-в, -
"...24.5. Регистрация транспортных средств по совершенным сделкам, направленным на отчуждение в отношении зарегистрированных транспортных средств, производится по заявлению нового собственника по месту его жительства. Снятие с учета осуществляется без обращения нового собственника по месту прежней регистрации транспортного средства.
В отношении зарегистрированных транспортных средств по заявлению прежнего собственника и предъявлении им документов о заключении сделок, направленных на отчуждение транспортных средств, при отсутствии подтверждения регистрации за новым собственником по истечении 30 суток со дня заключения таких сделок действующая регистрация транспортных средств прекращается."
Так что в МРЭО Вам не правомерно отказали в снятии с учета. Получите письменный отказ, обжалуйте вышестоящему руководителю или в Суд.