В налоговой декларации на возврат налогов указал номер счёта который уже закрыт как быть.

Направьте уточненное заявление с корректным счётом через сайт фес, обращения.

В этом случае перечисленные денежные средства вернутся отправителю. Нужно будет заново подать заявление с указанием актуальных реквизитов.