Как рассчитать неустойку в случае отказа подрядчика от устранения недостатков в рамках гарантийного срока по договору 44-ФЗ?

В договоре если написано, считать от всей суммы, значит от всей. Если от части, то от части. Зависит от договора.

Дарья, ввиду изменений 44-ФЗ, и наступления гарантийного случая в 2022 году, то нормами необходимо руководствоваться - вступившими в силу в 2022 году.

Согласно части 6 статьи 34 44-ФЗ - выставлении пений/штрафа - Ваша обязанность (а не право).

Если договором не отражен порядок расчета пении и штрафов, то следует руководствоваться частью 7 и 8 статьи 34 закона.

Таким образом, Вы должны направить письмо о гарантийном случае (с указанием на скрытые дефекты) и указать даты для устранения неполадок. Если в установленный срок, дефекты не будут устранены, то Вы обязаны направить Исполнителю письмо о начислении пении и уплате штрафа.

Для исполнителя пеня начисляется за каждый день просрочки исполнения исполнителем обязательства в размере 1/300 действующей в момент уплаты ключевой ставки от цены контракта или отдельного этапа исполнения госконтракта, которая уменьшена на сумму, пропорциональную объему фактически исполненных обязательств.

Общая сумма по штрафам и пеням за неисполнение или ненадлежащее исполнение не превышает сумму по контракту.

Штрафы для СМСП - рассчитываются в особом порядке!