Может ли гендиректор ООО без согласия второго учредителя повышать зарплату сотрудникам?

Данное решение может быть принято исключительно общим собранием директоров. Ответ на вопрос: нет.

Безусловно может! . Ограничения полномочий единоличного органа управления юридического лица (генерального директора) конечно возможно. Однако, такие ограничения должны быть этого регламентированы законом, учредительными документами. В целом, такой вопрос не согласовывается. Подчеркну, что у всего бывают свои исключения. Если предположить, что генеральный директор увеличил зарплату сотрудникам до каких то немедленных пределов, то такое действие вполне можно оспорить.