Добрый день. Вид на жительство в России оформляется отдельным документом, который вы должны получить в соответствии с Законом о гражданстве РФ. В загранпаспорте Украины предназначено проставление только виз и пересечения границы.
На сегодняшний день приказ 41 утратил силу, действует приказ №417 от 20 го года, да, есть там (п.170) требование о проставлении отметки в паспорте иностранного гражданина о получении вида на жительство в РФ, но в Украине действует Постановление Кабинета Министров №152 от 07.05.2014 г., и там перечислены случаи, когда паспорт для выезда за границу считается не действительным, прямого запрета на проставление именно такой отметки там, конечно же нет, но там прописаны противоречивые моменты когда паспорт считается недействительным и встречаются случаи, когда Украина считает такие паспорта недействительными. Но в вашем случае, вариантов выхода не много, на мой взгляд, ставить отметку вам придется, а если уж совсем придерутся в Украине, ссылайтесь на отсутствие прямого запрета в постановлении №152, в крайнем случае придется поменять украинский загранпаспорт.