Руководитель грозит срезать уже отработаные часы без сверхурочных. Имеет ли он на это право?

Фактически отработанные часы учитываются в табеле и подлежат оплате.

Ничего Вам срезать не могут, это незаконно, припугните обращением в ГИТ.