Сначала пишется жалоба в прокуратуру потом прокурору по надзору чем отличается жалоба.

Непонятно о жалобах по каким вопросам идет речь.

Здравствуйте. Жалобы отличаются своим предметом. Условно говоря "на что жалуетесь". Разные полномочия у органов. Прокуратура проводит проверку по одним основаниям, а надзирающий прокурор по другим. Вам нужно изложить сущность своего вопроса, чтобы юристы могли дать корректную консультацию.