Может ли забрать у собственника квартиру человек, проживающий в ней длительное время?

Отказывают неправомерно. Для регистрации ребенка к матери чьего-либо согласия (кроме согласия отца в отдельных случаях) не требуется. Обжалуйте отказ в прокуратуру или суд.