Организация ооо выдала доверенность в пользу индивидуального предпринимателя без указания о том что он ип нарушение ли это.

Если форма доверенности соответствует законодательству, то отсутствие ссылки на то, что представитель ООО является индивидуальным предпринимателем не имеет значения. Нарушений нет.