Ребенок находиться на больничном, и ещё где то 3 недели будет на больничном, боюсь что ребенка отчислят за столько пропусков.

Не отчислят, предоставьте в образовательное учреждение справку об открытии и закрытии больничного. Это является уважительной причиной.