Алексей, ссылайтесь на вновь открывшиеся обстоятельства. На данном основании суд обязан восстановить пропущенный срок.
Для разрешения спора Вам надо сначала обратиться в комиссию по трудовым спорам, если таковая есть в Вашей организации.
Согласно ст. 386 ТК РФ: "Работник может обратиться в комиссию по трудовым спорам в трехмесячный срок со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права.
В случае пропуска по уважительным причинам установленного срока комиссия по трудовым спорам может его восстановить и разрешить спор по существу".
Ключевым моментом здесь является понятие - "когда он узнал", т.е. срок начинает течь с того времени, когда Вам стало известно о нарушении.
Если трудовой комиссии нет, можете обращаться в Трудовую инспекцию или в суд.
Всего доброго! Удачи Вам!