Здравствуйте, в соответствии с ч. 5 ст. 28 Закона о защите прав потребителей в случае нарушения установленных сроков выполнения работы (оказания услуги) или назначенных потребителем на основании пункта 1 настоящей статьи новых сроков исполнитель уплачивает потребителю за каждый день (час, если срок определен в часах) просрочки неустойку (пеню) в размере трех процентов цены выполнения работы (оказания услуги), а если цена выполнения работы (оказания услуги) договором о выполнении работ (оказании услуг) не определена - общей цены заказа. Договором о выполнении работ (оказании услуг) между потребителем и исполнителем может быть установлен более высокий размер неустойки (пени).
То есть если аванс внесен как часть оплаты за вид работы, который просрочен, то от суммы аванса, а если это просто аванс и сумма договора не разбита по видам работ, то от всей суммы.
Удачи!