Нет, проблем от такого кузовного ремонта автомобиля не будет, если Вы не будете "тюнинговать" автомобиль.
Регистрировать нужно следующие изменения (в т.ч. из-за кузовного ремонта):
- массовые и габаритные параметры, внешний вид (в т.ч. замена цвета автокраски кузова, тонировка стёкол);
- замена или модификация силовой установки;
- модификация трансмиссии, управления, топливной и тормозной систем;
- замена нештатными приборами приборов внешнего освещения или модификация приборов внешнего освещения;
- изменение количества посадочных кресел (мест).
Но даже в этих случаях процедура регистрации "доработок" в очередной раз изменена в сторону упрощения и теперь, похоже, упрощать уже дальше некуда.
Вам в помощь недавнее Постановление Правительства Российской Федерации от 6 апреля 2019 г. № 413 "Об утверждении Правил внесения изменений в конструкцию находящихся в эксплуатации колесных транспортных средств и осуществления последующей проверки выполнения требований технического регламента Таможенного союза "О безопасности колесных транспортных средств".
http://static.government.ru/media/files/6fizWoMUc6KOUMW5H9PTn4ytItzEjtuA.pdf
Ответ достаточно понятен? ;)