Может ли неузаконенная перепланировка повлиять на возмещение ущерба при затоплении квартиры?

Отказать в суде в компенсации на основании неузаконненой перепланировки не могут, если это не затрагивает основания залития.

Оценщик вообще действует только в рамках ваших требований по договору.

Здравствуйте. Договор с оценщиком заключайте ДО суда, чтобы в суд идти подготовленной. Вопросы, на которые должен будет ответить оценщик: сумма реального ущерба, сумма восстановительного ремонта, причина возникновения ущерба, причина протечки кровли. До суда так же требуется получить акт от УК (Домоуправления, ТСЖ). Так же ДО суда следует направить Ответчику претензию с требованием в досудебном порядке произвести уплату причиненного ущерба и средств на восстановительный ремонт. Незаконная перепланировка не интересует ни оценщика, ни суд, если перед судом разрешение такого вопроса не ставится. В помощь Вам статья, опубликованная на портале "Гарант" https://www.garant.ru/news/1234208/

И еще момент - изучите финансовую состоятельность Ответчика до того, как принимать решение об обращении в суд - в Саранске большинство УК и ДУ являются финансово несостоятельными, а это означает, что даже при положительном решении суда, денег от них можно не увидеть. От слова не увидеть совсем.