В сложившейся ситуации ни один из документов не зарегистрируют в Росреестре, так как на земле второй не законно возведенный дом. Если площадь земельного участка позволяет раздел его, то надо сначала разделить и узаконить второй дом, а потом решать кому и сколько отписывать.