Будет ли оплачена не рабочая неделя с 28 марта по 5 апреля, если сотрудник находиться в ежегодном оплачиваемом отпуске в эти дни.

Неделя с 28.03. по 05.04 является выходными днями, а не праздничными выходными днями. Следовательно они входят в отпуск. Отпускные Вам уже выплатили, дополнительной оплаты не должно быть.