Здравствуйте, Виктор!
Сумма, направленная на оплату госпошлины - направляется ее получателю. Задолженность по налогам не влияет на ваше право пользоваться услугами гос. органов, а значит оплату пошлины Вам не завернут.
Благодарю за отзыв.