Должно ли быть в личном деле ученика согласие на дополнительное питание или оно должно храниться отдельно.

Этот вопрос из правил организации деятельности школы и в открытых нормативных источниках ответ на него не содержится. Вам лучше задать этот вопрос завучу, директору, ознакомиться в заявительном порядке с внутренней документацией.