Когда ответчик может оспаривать отцовство при иске на алименты?

На любой стадии до прений.

Елена, подавайте когда судья спросит про имеющиеся у сторон ходатайства. А вообще на любой стадии рассмотрения дела.

Оптимальный вариант - в ближайшем судебном заседании, в его начале, когда судья спросит, есть ли у сторон (по очереди - истец, ответчик) заявления и ходатайства.