Хочу купить двигатель на мотоцикл у физ. лица. Но на мотор нет никаких документов. Как быть?

Вам нужно составить соглашение (договор) купли-продажи двигателя.

Составить договор купли-продажи двигателя с полным описанием (по птс, если бы это был автомобиль). В случае, если в последствии выявиться проблемы, то можно будет признать сделку недействительной, или ничтожной, и вернуть вам уплаченные денежные средства за покупку двигателя.