С женой в разводе, дети живут со мной, жена хочет ипотеку с мат. Капиталом взять. Обязана ли она мне выделить долю?

Вам нет, детям обязана. Определите место жительство детей с вами, подайте на алименты и в суд на распределение маткапитала вам с детьми.