У меня арестован счёт сбербанка. Может это повлиять на приобретение квартиры за мат капитал?

Нет, Ваши долги не имеют никакого отношения к материнскому капиталу. Приобретая жилье, пенсионный фонд сам переводит средства на счет продавца без участия Ваших личных счетов.