Можно написать письмо-ходатайство не накладывать штраф, т.к. в первый раз. У меня были в практике случаи когда за несдачу в первый раз не наказывали штрафом, было предупреждение. Конечно лучше поздно, но сдать. Затем уже закрывать ип.