В случае не согласия с протоколом разногласий законодатель предусмотрел составление протокола согласования разногласий с указанием норм права, почему пункт излагается в определенной редакции.
Можно составить протокол согласования разногласий и либо исключить пункты, которые вы считаете противоречат действующему законодательству, либо прописать свой вариант пункта договора.